Суть проблемы...
Была необходимость во временном даунгрейде ESXi с 5.1 на 4.1. для этого был подключен был отдельный datastore, предварительно отформатированный в VMFS 3.x.
От хоста я не догодался отключить диски, которые были подключены как pRDM к гостевой ос и работали там через LVM2, под EXT4.
После запуска ESXi 4.1, RDMs диски автоматически монтировались как datastore-ы, что повлекло за собой перепись таблицы разделов.
~ # partedUtil getptbl /vmfs/devices/disks/t10.ATA_____WDC_WD20EFRX2D68AX9N0_________________________WD2DWMC1T1495059
msdos
243201 255 63 3907029168
1 63 8386622 6 0
2 8386623 8611902 252 0
3 8613888 3907029167 251 0
~ # partedUtil getptbl /vmfs/devices/disks/t10.ATA_____WDC_WD20EFRX2D68AX9N0_________________________WD2DWMC300564804
msdos
243201 255 63 3907029168
1 2048 3907029167 251 0