Файлы виртуалок лежат на локальных дисках или внешний сторадж? Если локальные диски, то отдельные или собраны в рейд?
Попробуте из хостовой ОС проверить логи по дисковой подсистеме в это момент.
Поведение чем-то схоже с ситуацией когда виртуалки теряют свои диски: консоль работает, в сети как сущность пингуется, но приложения внутри "зависают" в следствии того, что не могут писать на диск.